"อาจารย์เล็ก" หรือ "รศ.ดร.มาลัย ทวีโชติภัทร์" กับชีวิตครอบครัวนั้น อาจารย์แต่งงานกับ ผศ.ภก.ปกรณ์ ทวีโชติภัทร์ โดยสามีเคยเป็นอาจารย์สอนที่คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย แต่ปัจจุบันเกษียณแล้ว โดยมีบุตร 2 คน คนโตเป็นผู้หญิง ชื่อ ธันยภัทร ปัจจุบันทำงานเป็น Senior Auditor ที่ KPMG ส่วนคนเล็กเป็นผู้ชาย ชื่อ ภัทรธร ปัจจุบันเป็นแพทย์เพิ่มพูนทักษะ ที่ศูนย์การแพทย์สมเด็จพระเทพฯ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ (มศว)